開山祖師匡仁（845-935年），又名白雲圓照禪師，號“曹家女”，江西吉州新淦人。先後曹山本寂剃度，“適悟本良價闡青原教於瑞州之洞山，仁就事之，傳其衣缽。”習經巴山、東都（今洛陽），“曆參叢林名宿，深相印契，剖析佛說，觸處圓通”被譽為“精辯冠群”。匡仁走遍大江南北，博採眾長，弘揚慧能學說，主張“語不如默”，“以木藤三尺”，“揉藤為祖師，有《四大等頌略》、《華嚴長者論》等典籍留世。
中和三年（882年）匡仁請護法居士、撫州刺史危全諷（追封南庭王）上表，同年唐禧宗御筆親書“敕建疏山寺”。歷時八年，乃成，十方賢達雲集，常住僧眾千人，為當時禪宗之中心，著名弟子有慶甫（高麗人）、百丈明照安（新羅國人）、超禪師及其徒遇禪師（東海人）、文偃（後為雲門宗祖師）、本山證、洞山瑞、大安省、南昌天王院和尚、黃檗慧、京兆三相、護國守澄、靈泉歸仁、伏虎奉磷、正勤蘊禪師等。大凡僧中之真者，造詣之絕倫者，皆設法到疏山寺謁拜匡仁和尚。
疏山寺歷代高僧輩出，匡祖及其法嗣之後，宋有了常禪師、啟東明歸雲禪師、慧僧了如禪師；元有嗣甯禪師；明有道性、湛然、道木、道如禪師，無像、大智禪師；清有戒顯、曹洞正宗三十五年世道生禪師、臨濟宗三十四世順西元器禪師；民國有了塵、圓光禪師。尤其是慧僧了如，俗名張澄，字達明，官至尚書右丞，建炎南渡，“自解朝衣蘇佛香”，任疏山寺方丈時高宗、陸遊等朝廷臣常來寺中作客，是疏山寺鼎盛時期。
《疏山志》載：“道曰益尊，學者曰益眾”名譽日益聞，遠近回應。
疏山寺等級極高，歷代帝王，如唐禧宗、宋太宗、宋高宗、明太祖、清乾隆都書寫過禦匾並賜衣（今已毀），歷代方丈必須“奉欽命准禮部劄書”方可升座。寺內護法居士林立，王安石、晏殊二相，曾鞏、陸遊、元稹、艾申、陸象山、湯顯祖、薑光琦、吳熊、吳會、曾季狸等是各個時期的護法，並留下了許多不朽的詩章。
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